Es uno de los aspectos de su potencial terapéutico que más importancia está cobrando.

La función inmunomoduladora de las células mesenquimales (MSC) es uno de los aspectos de su potencial terapéutico que más importancia está cobrando y que ya se ha aplicado en diferentes patologías. El estudio del potencial inmunomodulador de las MSC se describió originalmente estudiando su efecto regulador sobre las células T, como iniciadoras y mediadoras del rechazo al trasplante. Numerosas evidencias han demostrado que en condiciones inflamatorias las MSC pueden inhibir la respuesta efectora de las células T o incrementar la función reguladora mediada por células Tregs. 

Además, también pueden ejercer varios efectos sobre otras células inmunes. Así, se sabe que las MSC inhiben la maduración de las células dendríticas impidiendo su migración a los nódulos linfáticos y su función presentadora de antígeno; modulan a las células NK y macrófagos, y suprimen la proliferación y diferenciación terminal de las células B. Los mecanismos por los que lleva a cabo estas funciones son tanto dependientes de contacto celular como mediante la secreción de factores solubles.

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En las últimas décadas, las células madre han sido uno de los temas principales a debatir en los medios de comunicación por su importancia científica y social, ya que su implementación en el campo de la medicina ofrece alternativas para el tratamiento de un sinnúmero de enfermedades, además de que en un futuro podrían llegar a ser la fuente para la solución de todas las enfermedades existentes, desde diabetes, infarto de miocardio, leucemias, Alzheimer, enfermedad del Parkinson y corea de Huntington, trasplantes, e incluso reconstrucción de órganos y tejidos.